Molphy

6FのＫ君が、molphyを使って最尤法系統樹を描きたいがうまくゆかぬ、ということで質問に来た。私がこのUNIXツール・プログラムを実際に使ったのはもう2年くらい前なので、細かいことはほとんど忘れてしまっていた。ただ、Ｋ君のトラブルは、配列中（アラインメント中）のギャップ（-------で表現されている）が配列／ギャップデータ以外の「identifier」というものとして扱われてしまっていたので、もしかすると、配列＝テキストデータのMacとUNIX間における改行コードの違いに原因があるかもしれないとコメントしておいた。同じ症状ではないが、Mac OSX版のClustalXが、Unixの改行コード（LF）しか理解しないために、Macのエディターがデフォルトではき出すFASTAファイルを読み込ませても、データが正しくLoadされないことを経験していたので、、、、miというテキストエディターで文字コードや改行コードを指定して保存できることを伝えて、試してみることをお勧めした。うまく解決できるといいなぁ。
ところで、我がオフィスのPC（Celeron 1.3 GHz, Win2K）にインストールしていた筈のVM-ware＋VineLinux3.0＋molphyはどこに行ったのだろう？VM-wareから根こそぎ消えていた……自分が何をやらかしたのか恐ろしい。他に消しちゃったものないだろうねー。