11時前に宿（箱崎のWeeklyアパート。YBBのブロードバンド付き）をチェックアウト。一旦ラボに寄り、宿から自転車を回収。11:10頃に早川不動産の担当Yさんからチェックアウト確認のtelあり。 今回の日本滞在ではまあ、なんとか結果らしいものが出たので、まず…

Ｔ君による魚類RCAタンパク質のクローニング、そして組換え体調製も進んできた。振り返れば、自分の昔のノート（Ｂ因子検出方を探っていた）にどう見ても可溶性補体制御因子らしい活性が記録されている。そしてＳ君はＩ因子アイソタイプをバキュロウイルス系…

Ｎさんと投稿論文の仕上げ。Ｉさんと補体研究のbrain storming。おもしろいデータを出してきていて、楽しみである。私がどんな証拠を押さえたいのか、どんな状況証拠を繋げればよいのか、あれこれ話し合ううちに分かってきた。

いろんな動きがあって、なにか大きなステップを踏む、新しい研究局面を迎える、あるいはとてつもない試練が到来する、なにかわくわくどきどきな兆しを感じた１日だった。ションボリしたり、祝福したり、心配になったり。さて、明日は？

農学研究院独自の若手研究者支援の成果（H19年度分）の発表（５題）を聴いた。内容を云々することは難しいが、いくつか感じたことがあった。 プレゼン用に用意されたPCが不調（あるいはスペック不足）でスライドの準備に手間取ったが、それを差し引いても、…

海外研究者招聘（短期・長期とも）が採択されなかった。短期にはかなり期待していたが、残念。次なる手を打つべくがんばりましょう。

KBACの先生方に相談中であるが、proteomicな研究に入り込むかも。2D-PAGE、蛍光イメージング、Peptide Mass Fingerprintingというおきまり？のテクで決着が付くとよいが。グラント？ これからです。まだ妄想段階。装置はうちには何一つ無い。（2D-PAGEはコン…

DDBJに本登録用のEST配列ファイルとアノーテーションファイルを送ったら、まだまだベクター配列のゴミが残っているとのご指摘、、、うーん、結構頑張って除去したつもりだったが、、、、配列をいじると、アノーテーションファイルの中身も修正しなくてはいけ…

DDBJ登録係の方と２，３回のやりとりの後、めでたく本登録にこぎつけました。h-kondoさん、nakao_mitsuteruさんにたくさん教えていただきました。感謝申し上げます。 アノーテーションファイル中のff_definitionにはクローン名だけ書いていたが、登録係からt…

ニジマスCD11とCD18のクローニングが論文になってでてた。すでにcatfishからCD18がクローニングされ、そのリコンビナントと抗体が作られ、CD11の様な分子量のタンパク質との会合が示されているから、今回のニジマスが「魚からは初めてのCR3の同定である」と…

Ｋ君と補体第二経路活性の測定。楽しい。やっぱ溶血反応は補体の基本だなぁ。

ってローカルのPCにもインストール出来るんだぁ。dailyにアップデートされているデータベースをローカルに置くことはとんでもないだろうが、フグやメダカのゲノム塩基配列はもうそんなに頻繁にはアップデートされてないだろうから、これらをローカルにダウン…

コイEST塩基配列を登録するために、まずは担当の方とメールでやりとり。フォーマットの検査などをパスして本登録に進めると良いのだが。これまで配列ファイルとアノーテーションファイルの作成にたくさんご教示下さった方々に感謝感謝である。 論文投稿用の…

そもそもrubyを理解せずに、h-kondoさんが書いて下さったスクリプトをそのまんま動かしただけなのですが、、、 ATGCソフトウェアはこんなemblフォーマットの配列ファイルを吐き出しました。（仮にファイル名はICI-M48.embl） ID XX SQ Sequence 600 BP; 157 …

精製コイ補体D因子（0.6〜0.8 Lの血清から大量精製したもの）→冷蔵庫からめでたく発見 6A1モノクローナル抗体（hybridoma）→液体窒素ラックのリストには見あたらず、、、、どうしようTT 2ヶ月まえに提出したハズの書類の控え→hopeless 1ヶ月前に買った航空券…

学生と研究・実験の打ち合わせをするのは本当に楽しい。彼らは私ほど楽しんではいないかも知れないけど。実際にpainfulな実験に手を動かすのは主に彼ら学生だから「言うは易し、、、」と思うかな。でも手を動かすのは楽しいなぁ。Puzzlingなデータが出ると、…

もう20年くらい前に差し上げたコイC3タンパク質と抗コイC3ポリクロを使って出てた論文がジャーナルクラブで紹介（自然免疫の個体発生）。今時（って数年前だけど）、あのポリクロ使ってアイソタイプの違いをシカトして進めた研究が論文（魚介免疫学雑誌）に…

結局Laboの共用マックに入ってたATGCで約2000本の配列をクラスタリングした。Contigにする条件は、最短50 bpのオーバーラップで98%以上マッチ。126個のContigsと1500本くらいのSingletonsとなった。ここまでもいろろ大変だったなぁ。途中でTrimしきれてない…

ディスカッションまで大幅に直し終えて本人に送付。もう少しで英文校閲に出せそう。何週間も前にかすかに見えていた着地地点に、彷徨ったあげくにやっとたどり着いたというのが、私サイドで脱稿した感想。今、その着地地点に立って、確かにここがその時見え…

４分間を有効に、磨き抜かれた言葉で研究を語るのは本当に大変だ。私もいろいろ思いめぐらせて、文章をいじくったけれど、やっと脱稿。あとはやっぱり自分の言葉と考えをどれだけ熱意をもって語り、質疑応答できるかでしょう。健闘を祈ります。

ちょうどESTのデータを整理しているところだが、こちらで紹介されているツールを私も使ってみようかな。まだ取説一つ読んでないのだが。分からなくなったらh-kondoさんに助けを求めちゃう。

Ｉ君と出かけた。Ｔ先生から直々に、S. pombeの野性株とガラクトース欠損株についてレクチャーを受けた。GalBLの結合特異性解明にbreak-throughとなりますように。

ESTデータの整理（コンティグ作り）のためのパソコンソフトの使い方をＳくんから教わった。MacMini 1 GHzで千数百のESTを処理した。ま、ほんの十数分の仕事だった。波形も確認できて便利だけど、わずかなallotypic？な違いなどは肉眼で確認しないとね。やっ…

今日Ｎさんのデータを見ながらの議論と、報告会での議論から、思い出した。「吸収」は強力な手段だろう。精一杯のアフィニティー精製でも期待したほど特異性が上がらないときは、やっぱ「吸収」だね。 それにしてもGalBL（ガラクトース特異的コレクチン）は…

genomeデータのほとんどは定性的（配列か地図だとう理解です）だが、transcriptome, proteome, metabolome, それにinteractomeのデータには定量的に表現できる物がある。でもその定量性がどれほどの精度なのかがよくわからない。たとえばcDNAマイクロアレイ…

どこに分泌され、ある場所ではどんな成分のどのアイソタイプがどのように活性化され、制御されているのか？ ナゾにはきりがないが、もう１段、研究のレベルがあがる大きなチャンスであり、もう１，２面、研究の切り口を増やすことができそうな予感。微生物学…

コイ補体成分の反応については、まだまだpuzzlingなことが多い。でもDf欠損状態での反応解析とC3アイソタイプの結合特異性のデータからなにかストーリーが見えてきそう。C4アイソタイプとC3アイソタイプの結合特異性比較にはまだまだ謎が残るが、きわめてお…

KBAC＝Kyushu univ. BioArchitecture Center. さすがＯ先生・Ｗ先生率いるセミナーである。 今日の演題は ロン毛もやってるメタボロミクス：動的代謝解析で見えてくること by O先生 メタボもやってるメタボロミクス：バイオアーキテクチャーセンターのメタボ…

ＶＩＩの論文査読をひとつ抱えてたんだ、、、もう締切間近。この連休が勝負か… おい、ちょっと、この連休は勝負が多すぎ。やばい。

本当に久しぶり。ティラピアの補体成分cDNAの配列を見ながら。やはりC3は複数ありそうだ。いかにおもしろい話しかをアピールしながら、きちんとした配列データを完成させるように指示。両ストランド読むことの重要性を指摘。